窓を2枚設置するのでもちろんコストが上がります。
特に内窓には複層ガラスを使うのが一般的ですので、よりコストが上がることになります。
その分、断熱効果によるエネルギーコストの減少や防犯効果を考えると、結果的には高くない、と考えます。